La Hermandad de San Juan Evangelista tiene sus orígenes en el siglo XVII. El documento más antiguo conservado, fechado el 30 de marzo de 1693, recoge su fundación para procesionar cada Viernes Santo desde la iglesia de Santiago. Sus fundadores tenían entre 18 y 25 años, circunstancia que le otorgó desde sus comienzos un marcado carácter juvenil y convirtió a San Juan en patrón de la Juventud Cofrade. El documento indica que la hermandad se fundaba «de nuevo», lo que sugiere una existencia anterior.

Tras un periodo de decadencia, la corporación fue refundada en 1789 y sus nuevas constituciones fueron aprobadas por el obispo Fray Bernardo de Lorca y Quiñones. Durante los años siguientes se enriqueció gracias a numerosas donaciones y quedó plenamente restablecida en 1799. Después de la ocupación napoleónica retomó su actividad en 1813, aunque el Trienio Liberal, la desamortización y otros acontecimientos políticos y religiosos provocaron una importante pérdida de miembros, ingresos y patrimonio.

La hermandad se revitalizó durante la segunda mitad del siglo XIX con el apoyo del obispo Domínguez y Valdecañas, pero posteriormente volvió a atravesar dificultades. En 1927 aprobó unas nuevas constituciones y estableció la tradicional subasta de la palma de San Juan. La Segunda República y la Guerra Civil interrumpieron nuevamente su actividad, hasta que los antiguos hermanos impulsaron su reorganización en 1940 y su refundación definitiva en 1942.

Desde 1951 recuperó la regularidad de sus procesiones, aunque padeció nuevos problemas económicos a partir de 1965 y dejó de salir en 1971. Para asegurar su continuidad se incorporaron las jóvenes conocidas como «Las Sanjuaneras» y se permitió que los hermanos casados siguieran perteneciendo a la corporación. En 1979 se adaptó el paso para ser portado por costaleros y, en 1989, se celebró el bicentenario de su restablecimiento. Está considerada la cofradía penitencial más antigua de las que procesionan en Guadix, conservando desde sus orígenes la misma imagen titular.