Las primera referencias sobre esta Cofradía datan de 1780. En 1906, la Hermandad aprueba el cambio de residencia de la Iglesia de San Francisco a la Parroquia de Santa Ana. El gremio de carpinteros se hará cargo, por entonces, de la Hermandad.

El Cristo de la Flagelación representa el momento en que Jesús acaba de ser flagelado. Se trata de una talla barroca, atribuida a Diego de Vega, discípulo de Pablo de Rojas. Lo acompaña un soldado romano y un sayón realizados por Mario Ignacio Moya en 2005. El paso es obra del tallista José Carlos Rubio Valverde (Córdoba), estrenado en 2009.

Mª Stma. del Refugio, es una imagen de vestir del escultor Francisco Romero Zafra, bendecida en 2006. Procesiona sobre paso de palio realizado en alpaca plateada de los Talleres de Villareal (Sevilla).